MES制造执行系统在实施过程中其实并不是很顺利的，在功能方面，控制方面，制造方面均可能会遇到一些问题，包括生产，订单跟踪等方面，那么MES制造执行系统实施中会遇到哪些问题？
MES制造执行系统的前期信息化实施矛盾集中体现
企业实施MES制造执行系统的时候前期来源于信息化项目，尤其是公司的erp系统，在ERP深化应用的过程中，erp并不能很好的对公司各项数据进行统计，比如(如信息及时反馈、质量管理、高级计划排程等等)。然后就系统通过MES系统实施解决ERP存在的问题，前ERP期等项目应用中矛盾就体现出来，希望MES制造执行系统能解决所有涉及生产管理的问题。
MES制造执行系统的准备工作的不足
MES需要大量的基础数据来支持，需要从以前的信息系统中获取大量的数据。由于准备不足，随着MES实施的深入，相关问题层出不穷；评价缺失；缺乏合理、科学的MES应用评价体系，其价值难以凸显，继续深化应用的薄弱环节。
MES制造执行系统庞大，不知道谁先后使用的问题
MES是一个庞大的系统，模块之间的逻辑关系是什么？实施的前提是什么？执行的前提是什么？它非常复杂。然而，MES制造执行系统在功能描述和ERP功能上有很多重叠和交叉，那么MES的真正内涵和外延是什么？如何定义ERP的边界？如果不深入研究ERP和MES执行系统，就很难定义。
