服务器主板是专用于服务器的主板产品，板型较大，使用专用的服务器机箱电源。尽管一些低端的入门级服务器产品也会采用高端台式机的芯片组，但中高端产品则都会采用专用的服务器芯片组。服务器主板最重要的是高可靠性和稳定性，其次才是性能，这是和台式机主板最大的不同之处。这一点也充分体现了服务器和台式机的应用不同之处。因为服务器一般都要满足每天24小时、每周7天的满负荷运行，因此稳定性和可靠性是最重要的一点。
服务器使用的通常是ECC和REG ECC内存. ECC内存因为要满足效验纠错的需要，加入了一颗ECC效验颗粒，由于采用的是TOSP封装，使得服务器内存从外观上看去每面有9颗内存颗粒。在内存中ECC能够容许错误，并可以将错误更正，使系统得以持续正常的操作，不会因为错误而中断，且ECC具有自动更正的能力，可以将错误位查出并将错误修正。当然在纠错时系统的性能有着明显降低，不过这种纠错对服务器等应用而言是十分重要的。
电源和风扇
一般的普通PC机箱中散热风扇口只有2~3个，分别在机箱的正面挡板的内部与背部挡板的内部。而服务器机箱需要更多的排风口，而且各个排风口针对系统不同的发热源进行散热。
服务器使用的CPU的频率通常较高，有的还是双CPU或多CPU，加上数块高转速的SCSI硬盘和大功率的电源，这些部件发出的热量使机箱内部很快变热，能否尽快排出热空气是服务器稳定工作的一个重要的条件。
服务器机箱除了要安装多个风扇外，还要有好的散热设计，例如，很多服务器在背面设计两个风扇位，一吹一吸，使得热风排出，冷风进入，形成一个散热循环系统，从而使服务器的整个散热系统性能提高很多。
稳定性、可靠性的区别：
通常台式机只需要考虑每天能够持续运行8小时即可，而且它的故障不会影响其它机器和客户，即台式机的故障、重启不会造成太严重的影响和损失。因此它的设计比较简单，台式机组件的验证和测试也相对简单。但是，服务器就完全不同了，它需要至少达到99.9以上的高可用性，即平均每天故障时间不到1.5分钟。为了实现服务器的高可*性、高可用性要求，服务器主板在研发阶段、设计阶段、生产阶段、测试阶段都经历了更为严格的工艺和流程。并且，服务器的关键部件都考虑了冗余设计，例如采用SMP对称多处理器技术，保证在一个CPU失效的情况下不会影响整个系统；采用ECC奇偶校验内存保护内存数据的完整性；采用RAID技术保护硬盘数据的完整性；以及多块服务器网卡可以实现冗余保护、负载均衡等特性；支持热插拔冗余电源和风扇等等。
性能的区别:
服务器主板的性能比台式机主板的性能高出很多，尤其是在内存通道带宽、I/O处理能力方面。服务器主板的内存通道通常有两条，甚至四条并行传输总线，因此内存与芯片组之间的带宽通常是台式机主板的两到四倍。服务器主板的I/O带宽通常高达3.2GB以上，而台式机通常只有266MB（不包含显示卡总线带宽），相差十倍以上。另外，服务器可以支持多路CPU并行处理，支持4G以上海量内存，支持高速PCI（64bit/66Mhz）、PCI-X（64bit/133Mhz） I/O通道，支持Ultra160/320高速SCSI硬盘接口等等，这些都是台式机所不具有的
